Эвенкийский муниципальный район имеет густую речную сеть, которую представляют реки Подкаменная и Нижняя Тунгуски, Курейка и Котуй с их многочисленными притоками.

Потенциальные гидроэнергетические ресурсы Подкаменной Тунгуски оцениваются в 20,6 млрд. кВт ч. Нижней Тунгуски в 60,7 млрд. кВт ч.

Реки и озера являются источниками ресурсов рыболовства и охоты на водоплавающую дичь.

Водоснабжение осуществляется в основном из открытых водоемов.Водозабор очень маленький, менее 30 м3/чел в год.

Система наблюдений за состоянием водных ресурсов отсутствует. Сбросы загрязняющих веществ из Иркутской области, Северо-Енисейского района, достигающие территории Эвенкии, не контролируются. Экологическое состояние р. Вельмо характеризуется как кризисное - вода реки не соответствует государственным стандартам.

Рыбохозяйственный фонд Эвенкийского муниципального района составляют реки: Нижняя и Подкаменная Тунгуска, Котуй, Вилюй, Сикасьян, Виви, озера: Ессей (площадь - 238 км2), Виви (площадь - 130 км2), Агата.

Ихтиофауна водоемов Эвенкии насчитывает 25 видов рыб, относящихся к 9 семействам. В Н. Тунгуске и ее придаточной системе отмечено 24 вида рыб, в П. Тунгуске - 20, в Путоранских озерах - 13 видов. Рыбное население водоемов Эвенкии, в особенности Путоранских озер, водоемов бассейна Хатанги и Вилюя при бедности видового состава характеризуется значительным внутривидовым разнообразием и является своеобразным резерватом генофонда ценных видов рыб.

Ихтиофауна Н. Тунгуски представлена в основном туводными речными и озерно-речными видами, из полупроходных рыб в нижнем течении реки встречаются нельма, ряпушка и чир, заходящие из Енисея.

В распределении рыб в Н. Тунгуске наблюдается определенная закономерность, связанная с гидрологическими особенностями отдельных ее участков. В верхней части реки преобладают карповые рыбы (плотва, елец, язь) и щука. На большей части среднего течения, где Н. Тунгуска проходит через плато Сыверма и изобилует порогами, перекатами и шиверами, в составе рыбного населения преобладают хариус, таймень и ленок. Ихтиофауна нижнего течения наиболее богата по числу видов, здесь встречаются все представители верхних участков, а также мигранты из Енисея и придаточных озер. Осетровые Н. Тунгуски (осетр и стерлядь) малочисленны и представляют, вероятно, локальные стада.

Ихтиофауна Путоранских озер, относящихся к бассейнам Н. Тунгуски и Курейки, качественно беднее, чем ихтиофауна собственно Н. Тунгуски, и представлена озерно-речными и озерными видами рыб. Различия между отдельными озерами по числу видов рыб небольшие. В уловах преобладают ценные лососевые и сиговые рыбы.